Le langage R est un langage de programmation et un environnement mathématique utilisé pour le traitement de données et l’analyse statistique.

Il est en outre d’utilisation libre et gratuite et peut être téléchargé par exemple à l’adresse suivante: http://cran.r-project.org/

L’installation prend au plus quelques minutes.

Il permet de réaliser

• des calculs arithmétiques
• des tris et croisements de données
• une très large variété de graphiques
• des programmes (automatisation de traitements)
• de la modélisation et simulations numériques
• une très large variété de traitements statistiques (c’est ce pour quoi il est le plus reconnu)
• des rapports, pages web et diaporamas

Il peut donc remplir les fonctions

• d’une calculatrice,
• d’un tableur,
• d’un langage de programmation,
• d’un logiciel de statistiques,
• d’un logiciel de dessin
• d’un éditeur de rapports et de présentations…

Au lancement de R, une fenêtre (la console) apparaît: le symbole “>” indique que R est prêt à exécuter toute ligne de commande que nous allons lui fournir.

Un exemple de ligne de commande:

2+2

[1] 4

Commentaires

32.7*59.6 # multiplication

[1] 1948.92

Les indications précédées du symbole # sont des commentaires. Ils sont ignorés par R mais vous seront très utiles pour annoter vos scripts.

Historique

Si l’on exécute plusieurs lignes de commandes dans la console, on peut “récupérer” les lignes de commandes précédemment exécutées avec la flèche \(\uparrow\) ou au contraire en récupérer de plus récentes avec \(\downarrow\).

Commande incomplète:

>4+3/
+ 

Avoir le signe + au lieu de l’invite de commande classique > montre que R attend la suite de la commande car elle est manifestement incomplète à l’issue de la première ligne…

>4+3/
+  2

[1] 5.5

Lorsque vous exécutez une commande, vous pouvez en observer le résultat directement dans la console:

32.7*59.6 

[1] 1948.92

Vous pouvez également choisir d’attribuer ce résultat à un objet.

a <- 32.7*59.6 

On dit qu’on assigne un nom à un objet. On a ainsi créé les objets a et b.

“=” est également un opérateur d’assignation:

a = 32.7*59.6 

En revanche, R est sensible à la casse donc les deux commandes suivantes créeront deux objets distincts!

pouetpouet <- 32.7*59.6 
Pouetpouet <- 32.7*59.6 

Attention, un objet est “écrasé” quand on assigne son nom à un autre objet:

tuttut <- 33
tuttut <- 45
tuttut

[1] 45

a <- 32.7*59.6 
b <- 53/59 

Lorsque vous exécutez les commandes ci-dessus, rien ne s’affiche dans la console. Cela ne signifie pas pour autant que rien ne s’est passé… Vous avez créé les objets a et b, qui font désormais partie de votre environnement de travail…

Rappelez-vous, ces objets apparaissent dans la zone Environnement de RStudio. Vous pouvez également afficher la liste des objets dans l’environnement global de la manière suivante:

ls()

[1] "a"          "b"          "pouetpouet"
[4] "Pouetpouet" "tuttut"    

Pour afficher la valeur des objets dans la console, plusieurs possibilités:

a

[1] 1948.92

print(a)

[1] 1948.92

Vous pourrez par la suite manipuler les objets de différentes façon… Par exemple, ici on peut les utiliser pour de simples opérations arithmétiques:

a+b  # calcul puis affichage

[1] 1949.818

c <- a+b # calcul et creation d'objet
print(c) # affichage

[1] 1949.818

Historique vs Script

Comment garder une trace pérenne des différentes commandes et de leur succession?

L’ensemble des lignes de commande exécutées dans la console (y compris tâtonnements) = l’ historique (.Rhistory)

L’ensemble des lignes de commandes nécessaires à exécuter une tâche = un script (.R)

(i.e. un fichier texte contenant l’ensemble des lignes de commande mises au propre et commentées!)

l’IDE RStudio

Nous allons travailler sur un éditeur de script (ou plus précisément un IDE, pour Integrated Development Environment) le logiciel RStudio.

Il est lui aussi libre et gratuit et peut être téléchargé à l’adresse suivante: http://www.rstudio.com/ide/.

Dans RStudio, quatre zones apparaissent:

• Source en haut à gauche,
• Console en bas à gauche,
• Environnement en haut à droite
• Plots en bas à droite

La zone Console de RStudio correspond en fait à l’interpréteur R de base… C’est cette console qui s’ouvre quand vous lancez R (sans RStudio)… Simplement ici, la console est “enrobée” de différents outils pour vous aider à travailler…

La zone Source constitue l’éditeur de code à proprement parler. C’est dans cette zone que vous allez écrire vos scripts.

Les calculs sont exécutés dans la zone Console. On peut envoyer les codes de la zone “Source” vers la zone “Console”

• grâce au bouton Run (qui exécute la ou les lignes de commande sélectionnée(s))
• grâce au bouton Source (qui exécute l’ensemble des lignes de commande du script).

• onglet Environment: il vous permet de consulter l’ensemble des objets de votre environnement
• onglet History: il vous permet de consulter l’historique de vos commandes (i.e. l’ensemble des commandes que vous avez exécutées depuis le lancement de votre session).

• onglet Files: il vous permet de naviguer dans vos dossiers et d’ouvrirs/renommer/supprimer vos fichiers.
• onglet Plots: c’est là que s’afficheront (par défaut) les graphiques produits. Il vous permet donc de vérifier d’un coup d’oeil vos sorties graphiques…
• onglet Packages: vous montre l’ensemble des packages installés et chargés pour la session actuelle.
• onglet Help: vous pouvez y consulter les fichiers d’aide associés aux différentes fonctions de R.

• usages de R
• console, commandes, script, commentaires, historique
• assignation, objets, environnement, affichage
• RStudio: organisation de l’IDE