Céline Bonnet

Présentation

Depuis octobre 2023, je suis ISFP Inria dans l'équipe Inria/Inserm CASTING. Je suis hébergée à l'ENS de Lyon au laboratoire UMPA et au CRCL les mercredis.

Avant cela, j'étais postdoctorante dans l'Unité de Mathématiques Pures et Appliquées (UMPA) de l'ENS de Lyon avec Emmanuel Grenier et Hélène Leman (anciennement au sein de l'équipe-projet NUMED / INRIA). Je travaillais (et je travaille encore) en collaboration avec Pierre Martinez et Arnaud Vigneron, chercheurs au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL). Nous modélisons la dynamique d'aquisition de résistance à un traitement donné de cellules cancéreuses. L'objectif à long terme est d'utiliser notre modèle afin de développer des thérapies adaptatives efficaces contre les cancers du seins triple négatif.

Auparavant j'ai effectué ma thèse au CMAP, dans l'équipe PEIPS, sous la direction de Sylvie Méléard et en étroite collaboration avec Stéphane Giraudier. Mes travaux portent sur la modélisation de l'hématopoïèse normal et pathologique par une approche principalement probabiliste et également numérique.

Recherche

Mots clés

Modélisation mathématique en biologie et médecine, Processus de branchement, Analyse stochastique de modèles multi-échelles, Exploitation numérique et analytique de données biologiques, Dynamique adaptative.

Publications

[P1] Bonnet, C., Chahour, K., Clément, F., Postel, M., Yvinec, R. (2020) Multiscale population dynamics in reproductive biology: singular perturation reduction in deterministic and stochastic models, ESAIM: PROCEEDINGS AND SURVEYS, Vol. 67, p. 72-99, DOI: https://doi.org/10.1051/proc/202067006

[P2] Bonnet, C., Méléard, S. (2021) Large fluctuations in multi-scale modeling for rest hematopoiesis. J. Math. Biol. 82, 58. https://doi.org/10.1007/s00285-021-01611-41 (lien HAL)

[P3] Bonnet, C., Gou, P., Girel, S., Bansaye, V., Lacout, C., Bailly, K., Schlagetter, M. H., Lauret, E., Méléard, S., Giraudier, S. (2021) Multistage hematopoietic stem cell regulation in the mouse: A combined biological and mathematical approach. iScience, 24(12), 103399. https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103399 (Attention: le terme de mort des globules rouges écrit dans l'équation sur la composante $x_6$ du modèle page 3 et 6 doit apparaître précédé d'un "-" et non d'un "+", pdf)

Manuscrit de thèse

[P4] Bonnet, C. (2020) Différentiation cellulaire, régulation des cellules souches et impact des mutations: une approche probabiliste (Doctoral dissertation, Institut polytechnique de Paris, lien HAL)

Article soumis

[P5] Bonnet, C. A PDMP to model the stochastic influence of quiescence dynamics in blood cancers (disponible sur arxiv https://doi.org/10.48550/arXiv.2303.06412, pdf).

[P6] Bonnet, C., Leman, H. Site frequency spectrum of a rescued population under rare resistant mutations (disponible sur arxiv https://doi.org/10.48550/arXiv.2303.04069, pdf).

Enseignements

Enseignements filière mathématique

>Module "Modèles stochastiques et évolution des espèces" du cours optionel Initiation à la modélisation de l'ENS de Lyon pour élèves de niveau L3, M1 et M2 (2h de cours magistraux et suivi de 3 élèves en projet, 2022)

>Tutorat du cours «Chaines de Markov et martingales» de T. Bodineau, Niveau M1 à l'Ecole Polytechnique (2016-2019)

>TP initiation Python, responsable F. Benaych-Georges, Niveau L3 à l'Ecole Polytechnique (2016-2019)

>TD du cours «Mathematical Modeling» section Bachelors de V. Bansaye et T. Mastrolia, Niveau L1 à l'Ecole Polytechnique (2016-2019)

Enseignements filière non mathématique / Exposé grand public

>Animations d'un atelier pour classes de collège et lycée sur l'intelligence artificielle à la Maison des Mathématiques et de l'Informatique à Lyon.

>Exposé de mes travaux de thèse vulgarisés à l'Ecole de l'Inserm Liliane Bettencourt en 2021, (45min, en visio conférence)

>Prise en charge d'un module "Modélisation mathématique de l'Hématopoïèse" dans le Master Biologie Moléculaire et Cellulaire de l'Université de Paris (Parcours BMCFH - Niveau M2)- depuis 2021

>Amination de stands sur la thématique "Mathématiques et Biodiversité" durant la fête de la science (2016-2019)

>Echange et vulgarisation de mes travaux de thèse avec des lycéen.ne.s à diverses occasions (portes ouvertes, rencontres organisées par l'association Femmes et Mathématiques)

>Tutorat d'étudiants en CPGE-PCSI du Lycée Blaise Pascal à Orsay, Niveau L1 (2012) .