{"id":1252,"date":"2020-10-07T11:13:19","date_gmt":"2020-10-07T09:13:19","guid":{"rendered":"http:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/?p=1252"},"modified":"2020-10-07T11:15:27","modified_gmt":"2020-10-07T09:15:27","slug":"utiliser-un-package","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/utiliser-un-package\/","title":{"rendered":"Utiliser un package"},"content":{"rendered":"

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Qu\u2019est-ce qu\u2019un package ?<\/h1>\n

Un package est un ensemble de fonctions<\/strong> document\u00e9es visant \u00e0 la r\u00e9alisation d\u2019une t\u00e2che particuli\u00e8re<\/strong>.<\/p>\n

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En poursuivant cette s\u00e9rie de tutoriels vous serez notamment amen\u00e9s \u00e0 travailler avec le package dplyr<\/code> qui vise \u00e0 r\u00e9aliser un ensemble d\u2019op\u00e9rations et de manipulations de base sur les tableaux de donn\u00e9es, et le package ggplot2<\/code> qui vise \u00e0 produire des graphiques en s\u2019appuyant sur les principes de la grammaire des graphiques.<\/p>\n

Installation vs chargement<\/h1>\n

INSTALLATION<\/strong><\/p>\n

L\u2019installation d\u2019un package consiste \u00e0 t\u00e9l\u00e9charger les codes du package sur l\u2019ordi<\/strong>.<\/p>\n

Cette \u00e9tape n\u00e9cessite que vous t\u00e9l\u00e9chargiez l\u2019ensemble des fichiers contenant le code du package sur votre ordi. De ce fait, c\u2019est une \u00e9tape qui n\u00e9cessite que vous ayiez acc\u00e8s \u00e0 internet<\/strong>\u2026 Par contre, vous n\u2019avez besoin de r\u00e9aliser cette installation une seule fois<\/strong> (tant que vous ne changez pas d\u2019ordi, ou que vous n\u2019avez pas besoin de mettre \u00e0 jour le package par exemple).<\/p>\n

Installer un package, c\u2019est un peu comme ramener le carton d\u2019outils de cuisine chez soi et les ranger dans le placard, cf illustration ci-dessous\u2026<\/p>\n

<\/p>\n

L\u2019installation d\u2019un package se fait g\u00e9n\u00e9ralement \u00e0 l\u2019aide de la commande:<\/p>\n

install.packages(\"dplyr\")\n<\/code><\/pre>\n
Vous pouvez \u00e9galement effectuer cette installation \u00e0 partir de l\u2019outil \u201cPackages\u201d dans RStudio.<\/p>\n
CHARGEMENT<\/strong><\/p>\n
Le chargement consiste \u00e0 pr\u00e9parer R \u00e0 l\u2019utilisation des fonctions du package<\/strong> (en les appelant par leur nom).<\/p>\n
A chaque fois (ou presque) que vous utiliserez un package<\/strong> (i.e.\u00a0pour chacune de vos sessions de travail avec ce package), vous aurez besoin de le charger<\/strong>. Le chargement d\u2019un package permet en effet \u00e0 R d\u2019ajouter les noms de ses fonctions \u00e0 son \u201cr\u00e9pertoire\u201d et donc d\u2019aller chercher le code correspondant o\u00f9 il se doit.<\/p>\n
Charger un package, c\u2019est un peu l\u2019\u00e9quivalent de sortir les outils du placard de sorte qu\u2019ils soient pr\u00eats \u00e0 servir\u2026 cf illustration ci-dessous.<\/p>\n
<\/p>\n
Vous pouvez charger un package de la mani\u00e8re suivante:<\/p>\n
library(dplyr)\n<\/code><\/pre>\n
Espace de nommage, d\u00e9sambiguation<\/h1>\n
Chaque package est associ\u00e9 \u00e0 un espace de noms<\/strong> (namespace) qui correspond \u00e0 l\u2019ensemble des noms de fonctions qui le composent.<\/p>\n
Un m\u00eame nom<\/strong> peut correspondre \u00e0 plusieurs fonctions<\/strong>, issues de packages diff\u00e9rents<\/strong>.<\/p>\n
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Si ces packages sont install\u00e9s et charg\u00e9s pour une m\u00eame session de travail, il est recommand\u00e9 (voire indispensable) d\u2019\u00e9crire explicitement \u00e0 quel espace de noms on fait r\u00e9f\u00e9rence<\/strong> \u00e0 l\u2019aide de la notation nomdupackage::nomdelafonction<\/em>\u2026<\/p>\n
library(stats)\nlibrary(dplyr)\n\n## \n## Attaching package: 'dplyr'\n\n## The following objects are masked from 'package:stats':\n## \n##     filter, lag\n\n## The following objects are masked from 'package:base':\n## \n##     intersect, setdiff, setequal, union\n\nstarwars %>% filter(starwars,species==\"Human\")\n\n## Error: Problem with `filter()` input `..1`.\n## x Input `..1$name` must be a logical vector, not a character.\n## \u2139 Input `..1` is `starwars`.\n<\/code><\/pre>\n
Vie et maintien d\u2019un package<\/h1>\n
Un package n\u2019est pas d\u00e9finitivement fig\u00e9 au moment de sa cr\u00e9ation (ou de son d\u00e9p\u00f4t sur le CRAN par exemple).<\/p>\n
Il est amen\u00e9 \u00e0 \u00e9voluer<\/strong>, en lien avec, par exemple, les demandes des utilisateurs<\/strong>, les ajouts ou modifications des contributeurs<\/strong>, les modifications rendues n\u00e9cessaires par les changements de version des autres packages<\/strong> (dont il d\u00e9pend) ou de R lui-m\u00eame<\/strong>.<\/p>\n
\"\"<\/p>\n
En effet, un package est construit sur la base de codes R pr\u00e9existants, mais \u00e9galement en se basant sur des packages, bas\u00e9s sur des packages, bas\u00e9s sur des packages\u2026 Ces packages constituent ce qu\u2019on appelle les d\u00e9pendances<\/strong>.<\/p>\n
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Qualit\u00e9 d\u2019un package<\/h1>\n
La \u201cqualit\u00e9\u201d d\u2019un package<\/strong> peut recouvrir de nombreuses notions, parmi lesquelles:<\/p>\n