{"id":1577,"date":"2026-06-22T16:14:26","date_gmt":"2026-06-22T14:14:26","guid":{"rendered":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/?p=1577"},"modified":"2026-06-23T09:29:38","modified_gmt":"2026-06-23T07:29:38","slug":"montrer-ses-muscles-avec-haltere","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/montrer-ses-muscles-avec-haltere\/","title":{"rendered":"Montrer ses muscles avec HALtere"},"content":{"rendered":"\n<p>   La semaine derni\u00e8re, je suis all\u00e9e aux Rencontres R pr\u00e9senter un poster portant sur un package\/appli shiny nomm\u00e9 <strong>HALtere<\/strong>, qui fournit quelques <strong>data-visualisations<\/strong> des <strong>donn\u00e9es bibliographiques renseign\u00e9es sur HAL<\/strong>. On peut ainsi s&rsquo;en servir pour visualiser les publications d&rsquo;une collection, d&rsquo;un labo, d&rsquo;un auteur, ou encore autour d&rsquo;une th\u00e9matique choisie.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"809\" height=\"1024\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur-809x1024.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1591\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur-809x1024.png 809w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur-237x300.png 237w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur-768x972.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/penseur.png 1106w\" sizes=\"auto, (max-width: 809px) 100vw, 809px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>   Si vous voulez voir ce que \u00e7a donne en ligne (sur quelques listes de publications choisies par mes soins), c&rsquo;est <a href=\"https:\/\/isig-apps.ens-lyon.fr\/app\/HALtere\">ici<\/a>. Si vous voulez faire tourner sur la liste de publications de votre choix, allez voir le repo <a href=\"https:\/\/github.com\/lvaudor\/HALtere\">ici<\/a> et suivez les instructions du README&#8230;<\/p>\n\n\n\n<p>   Le fait d&rsquo;\u00eatre pass\u00e9 par HAL plut\u00f4t que par une base de donn\u00e9e bibliom\u00e9trique plus internationale (comme Web of Science, Scopus, OpenAlex, etc.) est un signal clair quant \u00e0 l&rsquo;utilisation escompt\u00e9e de cet outil: il s&rsquo;agit de faire de la <strong>valorisation institutionnelle<\/strong> (pour une \u00e9valuation HCERES, pour une \u00e9valuation annuelle, pour un point d&rsquo;\u00e9tape dans la carri\u00e8re d&rsquo;un chercheur -par exemple, HDR-). En effet dans ESR fran\u00e7ais, c&rsquo;est sur HAL que l&rsquo;institution (CNRS notamment) nous demande express\u00e9ment de renseigner notre production bibliographique. Et \u00e0 ce titre, c&rsquo;est sur HAL que l&rsquo;on est (\u00e0 peu pr\u00e8s) s\u00fbr de trouver les donn\u00e9es ad hoc pour valoriser une \u00ab\u00a0entit\u00e9 de recherche\u00a0\u00bb.<\/p>\n\n\n\n<p>   C&rsquo;est en tout cas dans cet objectif que j&rsquo;ai d\u00e9velopp\u00e9 cette appli, notamment avec l&rsquo;id\u00e9e de valoriser la <strong>collaboration<\/strong> et l&rsquo;<strong>interdisciplinarit\u00e9<\/strong> (valeurs ch\u00e8res \u00e0 l&rsquo;institution, et arguments forts pour le montage de projets par exemple). Ainsi le module principal consiste \u00e0 donner \u00e0 voir les <strong>liens de co-autorat<\/strong> au sein d&rsquo;une liste de publications.<\/p>\n\n\n\n<h1 class=\"wp-block-heading\">Repr\u00e9senter les liens de co-autorat<\/h1>\n\n\n\n<p>   Illustration avec la collection de mon laboratoire, sur les 10 derni\u00e8res ann\u00e9es (ici seuls les 400 auteurs les plus prolifiques sont repr\u00e9sent\u00e9s par des noeuds, et les 50 noms avec le plus de liens sont \u00e9crits, pour des raisons de lisibilit\u00e9):&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"587\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5-1024x587.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1580\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5-1024x587.png 1024w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5-300x172.png 300w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5-768x440.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot5.png 1396w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>   Si vous faites vous-m\u00eame partie du laboratoire, vous pouvez peut-\u00eatre distinguer (derri\u00e8re les noms des personnes), les divers <strong>projets et th\u00e9matiques<\/strong> qui se dessinent \u00e0 travers le graphe. N\u00e9anmoins, pour mieux comprendre \u00ab\u00a0de l&rsquo;ext\u00e9rieur\u00a0\u00bb ce qui sous-tend ces collaborations, il est possible d&rsquo;indiquer, au lieu du nom des personnes, le lemme le plus sp\u00e9cifique de leur partie de corpus :<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"587\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1-1024x587.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1582\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1-1024x587.png 1024w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1-300x172.png 300w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1-768x440.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot6-1.png 1396w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>Hop, zoomons un peu (c&rsquo;est un graphique <strong>plotly<\/strong>: on peu zoomer, exporter, s&rsquo;attarder sur chaque noeud pour avoir des informations suppl\u00e9mentaires). Je constate ainsi que si dans ce corpus, mon terme sp\u00e9cifique est \u00ab\u00a0wikidata\u00a0\u00bb (et de fait, je suis la seule dans le laboratoire \u00e0 m&rsquo;\u00eatre int\u00e9ress\u00e9e \u00e0 ce sujet), je suis largement entour\u00e9e de personnes s&rsquo;int\u00e9ressant de pr\u00e8s aux cours d&rsquo;eau (\u00ab\u00a0Rh\u00f4ne\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0PFAS\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0phytostabilization\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0sa\u00f4ne\u00a0\u00bb, etc.): c&rsquo;est bien l&rsquo;objet th\u00e9matique \u00ab\u00a0cours d&rsquo;eau\u00a0\u00bb qui sous-tend la majeure partie des collaborations dans le laboratoire, m\u00eame si d&rsquo;autres parties du graphe se d\u00e9tachent.<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"587\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7-1024x587.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1595\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7-1024x587.png 1024w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7-300x172.png 300w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7-768x440.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/newplot7.png 1396w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>   En filigrane de telles repr\u00e9sentations (et du terme \u00ab\u00a0valorisation\u00a0\u00bb), se pose \u00e9videmment la question de la <strong>valeur intrins\u00e8que de nos productions<\/strong>&#8230; Un graphe comme celui produit par HALtere met plus en avant les auteurs qui co-signent que ceux qui signent seuls (m\u00eame si les auteurs les plus prolifiques, si isol\u00e9s, sont repr\u00e9sent\u00e9s dans le graphe par un point \u00e0 la marge). Or, en poussant ce principe \u00e0 l&rsquo;extr\u00eame, on pourrait imaginer qu&rsquo;une logique de valorisation tr\u00e8s \u00ab\u00a0quantitativiste\u00a0\u00bb, mettant en avant les collaborations, pourrait amener des effets pervers, comme une tendance \u00e0 faire co-signer les publications par de tr\u00e8s nombreux auteurs, quand bien m\u00eame leur apport r\u00e9el \u00e0 la publication serait tr\u00e8s limit\u00e9, voire inexistant. Cette tendance est bien r\u00e9elle, mais d\u00e9coule davantage de <strong>pratiques de recherche<\/strong> que, je pense, de l&rsquo;existence d&rsquo;outils de visualisation adapt\u00e9s. Par ailleurs, le fait d'\u00a0\u00bbanonymiser\u00a0\u00bb le graphe en affichant les \u00e9l\u00e9ments de discours plut\u00f4t que les personnes permet de raisonner sur <strong>ce qui donne forme \u00e0 la collaboration <\/strong>plut\u00f4t que sur des logiques comptables li\u00e9es aux strat\u00e9gies de carri\u00e8re et d&rsquo;\u00e9valuation (au sens managerial du terme). Ainsi, l&rsquo;appli ne se veut pas normative, elle ne dit pas \u00ab\u00a0La recherche devrait \u00eatre collaborative et interdisciplinaire\u00a0\u00bb; elle dit: \u00ab\u00a0Montrez ce qui <em>de fait<\/em>, dans votre recherche, est collaboratif et interdisciplinaire\u00a0\u00bb.<\/p>\n\n\n\n<h1 class=\"wp-block-heading\">Repr\u00e9senter les termes sp\u00e9cifiques<\/h1>\n\n\n\n<p>   De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, le <strong>traitement des informations textuelles<\/strong> (titre, mots-cl\u00e9s, abstract) permet de valoriser un bilan bibliographique d&rsquo;une fa\u00e7on qui va un peu au-del\u00e0 des indicateurs quantitatifs classiques. Examinons ainsi le module \u00ab\u00a0Words by period\u00a0\u00bb: il permet de mettre en regard deux p\u00e9riodes dans la production bibliographique en repr\u00e9sentant les termes les plus fr\u00e9quents pour chaque p\u00e9riode, ou les plus sp\u00e9cifiques \u00e0 chaque p\u00e9riode. Voici par exemple les termes <strong>les plus sp\u00e9cifiques aux deux derni\u00e8res p\u00e9riodes de 5 ans <\/strong>pour EVS:<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"521\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630-1024x521.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1584\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630-1024x521.png 1024w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630-300x153.png 300w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630-768x391.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630-1536x781.png 1536w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_144630.png 1870w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p>   On constate ainsi que le terme le plus sp\u00e9cifique au dernier quinquennat d&rsquo;EVS est \u00ab\u00a0forest\u00a0\u00bb, suivi de pr\u00e8s par \u00ab\u00a0landscape\u00a0\u00bb. Si l&rsquo;on veut en savoir plus sur le contexte dans lequel ces termes sont utilis\u00e9s, on peut consulter<strong>l&rsquo;onglet \u00ab\u00a0References table\u00a0\u00bb<\/strong>, et faire une petite recherche par expressions r\u00e9guli\u00e8res (ici on r\u00e9cup\u00e8re Forest* ou forest*), pour pouvoir avoir une id\u00e9e des publications qui expliquent l&rsquo;apparition de ce terme dans les lemmes les plus sp\u00e9cifiques de la p\u00e9riode 2022-2027. On peut ainsi se faire une id\u00e9e de <strong>th\u00e9matiques \u00e9mergentes<\/strong>, par exemple dans le cadre de l&rsquo;\u00e9valuation d&rsquo;un laboratoire.<\/p>\n\n\n\n<p><em>Ce module est pour l&rsquo;instant tr\u00e8s rudimentaire et appellera sans doute des modifications (que vous pouvez appeler de vos voeux dans une Issue sur github, du reste).<\/em><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image size-large\"><a href=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"1024\" height=\"522\" src=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739-1024x522.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-1585\" srcset=\"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739-1024x522.png 1024w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739-300x153.png 300w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739-768x391.png 768w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739-1536x782.png 1536w, https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-content\/uploads\/2026\/06\/Screenshot_20260622_145739.png 1869w\" sizes=\"auto, (max-width: 1024px) 100vw, 1024px\" \/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Et en terme de d\u00e9veloppement?<\/h2>\n\n\n\n<p>   Je ne suis pas la premi\u00e8re (ni la derni\u00e8re, probablement) \u00e0 avoir l&rsquo;id\u00e9e de faire de la <strong>bibliom\u00e9trie avec R<\/strong>, ni m\u00eame \u00e0 avoir l&rsquo;id\u00e9e de faire de la <strong>bibliom\u00e9trie avec R sur la base des donn\u00e9es de HAL<\/strong> (en ont t\u00e9moign\u00e9 quelques discussions que j&rsquo;ai pu avoir autour de mon poster la semaine derni\u00e8re), mais il me semble qu&rsquo;HALtere peut \u00eatre un premier jalon vers un travail plus avanc\u00e9 et g\u00e9n\u00e9ralisable sur la bibliom\u00e9trie avec R, qui a le potentiel de rassembler un certain nombre d&rsquo;ing\u00e9nieurs de la donn\u00e9e (et\/ou de documentalistes), ind\u00e9pendamment de la discipline ou du domaine dans lequel ils exercent leur m\u00e9tier.<\/p>\n\n\n\n<p>En effet, les bases de donn\u00e9es bibliographiques sont multiples et les outils pour les interroger sont eux-m\u00eames divers et vari\u00e9s (certains \u00e9tant orient\u00e9s sur la r\u00e9cup\u00e9ration de la donn\u00e9e, d&rsquo;autres plus orient\u00e9s sur l&rsquo;analyse et la visualisation). Cette <strong>multiplicit\u00e9 de formats et d&rsquo;ontologies<\/strong> n&rsquo;est pas sans rappeler certaines probl\u00e9matiques propres au web s\u00e9mantique et illustre l&rsquo;int\u00e9r\u00eat qu&rsquo;il pourrait y avoir \u00e0 travailler sur l&rsquo;<strong>interop\u00e9rabilit\u00e9 des donn\u00e9es bibliographiques<\/strong>. Ainsi, la bibliom\u00e9trie sous R pourrait \u00eatre un terrain de jeu et d&rsquo;application privil\u00e9gi\u00e9 pour une r\u00e9flexion sur les ontologies et la structure des donn\u00e9es, permettant d&rsquo;articuler au mieux les outils bibliom\u00e9triques existants (les \u00ab\u00a0gros paquets\u00a0\u00bb <a href=\"https:\/\/www.bibliometrix.org\/\">bibliometrix<\/a>, <a href=\"https:\/\/docs.ropensci.org\/openalexR\/\">openalexR<\/a>,&#8230; et les petits comme HALtere), et les outils futurs (un \u00ab\u00a0bibliverse\u00a0\u00bb?).<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La semaine derni\u00e8re, je suis all\u00e9e aux Rencontres R pr\u00e9senter un poster portant sur un package\/appli shiny nomm\u00e9 HALtere, qui fournit quelques data-visualisations des donn\u00e9es bibliographiques renseign\u00e9es sur HAL. 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