![\"plot](\"..\/..\/lise.vaudor\/Rfigures\/RMarkdown\/headband.png\")
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Ce post s’adresse principalement \u00e0 ceux qui ont un blog sous WordPress<\/strong> et souhaiteraient y pr\u00e9senter des lignes de commande et des r\u00e9sultats obtenus sous R<\/strong>. Il est possible que peu de gens se sentent concern\u00e9s par ce besoin certes tr\u00e8s sp\u00e9cifique… Mais, pour ma part, j’aurais \u00e9t\u00e9 bien heureuse de tomber sur un tel post lorsque je cherchais \u00e0 automatiser la production de mes posts depuis R<\/strong>\/RStudio<\/strong>. J’ai n\u00e9anmoins b\u00e9n\u00e9fici\u00e9 de nombreux \u00ab\u00a0aiguillages\u00a0\u00bb de mes pairs blogueurs pour des besoins proches… J’y ferai r\u00e9f\u00e9rence par la suite.<\/p>\n Markdown est un langage de balisage l\u00e9ger<\/em> qui permet un formatage de documents, par exemple pour une publication sous forme de page web. Sa syntaxe est assez \u00ab\u00a0transparente\u00a0\u00bb, et assez simple \u00e0 \u00e9crire (davantage, par exemple, qu’un document \u00e9crit en html). Ainsi, un document format\u00e9 en Markdown<\/strong> est peu marqu\u00e9 par ses balises et est donc lisible comme tel.<\/p>\n Par ailleurs, ce langage a pour avantage d’\u00eatre assez facilement converti en de nombreux formats (classiquement, en html<\/strong>, pdf<\/strong>, ou Word<\/strong>; et sp\u00e9cifiquement, pour une publication plus ais\u00e9e sous WordPress, en Markdown<\/strong>).<\/p>\n Pour en savoir davantage sur Markdown<\/strong>, c’est par ici<\/a> ou par l\u00e0<\/a>.<\/p>\n Il est possible d’\u00e9crire des documents en R Markdown<\/strong>, en int\u00e9grant des morceaux de code R<\/strong> au document Markdown. Tous les posts de ce blog ont ainsi \u00e9t\u00e9<\/p>\n Placez l’ent\u00eate suivante en haut du document .Rmd<\/strong>:<\/p>\n output: md_document<\/p>\n Notez que si l’ent\u00eate ci-dessus ne figure pas dans votre document, le bouton Knit<\/em> de RStudio vous proposera de convertir votre document non pas en un document Markdown<\/strong>, mais en un document html<\/strong>, pdf<\/strong>, ou Word<\/strong>.<\/p>\n Ecrivez ensuite votre texte les conventions de notation Markdown<\/strong>, entrecoup\u00e9 de morceaux (chunks) de code R<\/strong>. Vous pouvez trouver un exemple minimal de document R Markdown<\/strong> (ainsi que des explications compl\u00e9mentaires) sur ce post<\/a>. Par RStudio<\/strong>, on peut alors utiliser un bouton Knit<\/em> qui convertit votre document R Markdown<\/strong> (.Rmd<\/strong>) en Markdown<\/strong> (.md<\/strong>).<\/p>\n Pour inclure vos figures ou donner acc\u00e8s \u00e0 des donn\u00e9es depuis votre blog, il est n\u00e9cessaire que les chemins des figures tels qu’ils apparaissent dans votre document Markdown<\/strong> corresponde au chemin qu’ils auront sur votre l’espace serveur d\u00e9di\u00e9 \u00e0 votre blog.<\/p>\n Pour ma part, j’ai sp\u00e9cifi\u00e9 les chemins suivants pour y poser ou g\u00e9n\u00e9rer mes fichiers et figures:<\/p>\n Ainsi, lorsque je veux cr\u00e9er ou lire un fichier, voici comment je proc\u00e8de:<\/p>\n Pour l’\u00e9criture:<\/p>\n Pour la lecture:<\/p>\n Et pour cr\u00e9er et inclure un graphique dans le document, il faut pr\u00e9ciser dans les options knitr<\/strong> l’option Enfin, en plus de copier le document Markdown sur votre tableau de bord WordPress pour cr\u00e9er votre nouveau post, n’oubliez pas de copier les dossiers \u00ab\u00a0Rfigures\u00a0\u00bb et \u00ab\u00a0Rdata\u00a0\u00bb (qui pour le moment se trouvent sur votre ordinateur et votre ordinateur seulement) \u00e0 la racine de l’espace serveur d\u00e9di\u00e9 \u00e0 votre site!!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Ce post s’adresse principalement \u00e0 ceux qui ont un blog sous WordPress et souhaiteraient y pr\u00e9senter des lignes de commande et des r\u00e9sultats obtenus sous R. Il est possible que peu de gens se sentent concern\u00e9s par ce besoin certes tr\u00e8s sp\u00e9cifique… Mais, pour ma part, j’aurais \u00e9t\u00e9 bien heureuse de tomber sur un tel post lorsque je cherchais \u00e0 automatiser la production de mes posts depuis R\/RStudio. J’ai n\u00e9anmoins.. Read More<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[5],"tags":[],"class_list":["post-45","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-tous-les-posts"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/45","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=45"}],"version-history":[{"count":46,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/45\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":51,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/45\/revisions\/51"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=45"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=45"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/perso.ens-lyon.fr\/lise.vaudor\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=45"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}Qu’est-ce que Markdown, et R Markdown?<\/h1>\n
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En pratique, comment faire pour \u00e9crire un document R Markdown sous RStudio?<\/h1>\n
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markdown<\/code> et knitr<\/code><\/li>\n---<\/code><\/p>\n---<\/code><\/p>\n<\/li>\n<\/ul>\nEt pour inclure des figures et des donn\u00e9es?<\/h1>\n
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